В 2012 г. была разработана Концепция развития Калининградского зоопарка, визуализацией которой стал Мастер-план. Автор Мастер-плана — польский зооархитектор Марек Наконечны, который делал аналогичную работу, а также проектировал ряд объектов для зоопарков Гданьска, Торуни, Познани и Вейхерова.
В представленном проекте предусматривается зонирование территории зоопарка по зоогеографическому принципу.
На сегодняшний день — это самый современный подход к планированию территорий в зоопарках. При этом, сохраняются практически все исторические объекты Кёнигсбергского зоопарка (медвежатник, скала для ластоногих, львятник, копытный ряд «Деревня» и др.), однако часть этих объектов реконструируется под новых животных в связи с современными, более высокими, стандартами содержания животных. Так, например, старый «Львятник» реконструируется под «Дом тропической птицы» (кстати, этот проект получил самую высокую оценку господином Хагенбеком — директором Гамбургского зоопарка, который посетил Калининградский зоопарк по специальному приглашению для участия в Круглом столе «Исторические зоопарки в современной городской среде»).